Por padrão, a pasta do Hand2Note está localizada em C:/Program Files/Hand2Note. Se esta pasta ocupa muito espaço, é provável que a maior parte do espaço seja ocupada por arquivos de log (pasta logs).

Você pode deletar completamente esta pasta, se o tamanho dela te incomoda, isso não afetará o funcionamento do software.
Você também pode desativar o registro de logs nas configurações do programa. Para fazer isso, vá para Configurações → Outras opções → Logging, desmarque todas as opções e clique em “Salvar”:

Depois disso, o Hand2Note salvará apenas os logs de sistema mais necessários, que não ocuparão muito espaço.
Uma parte substancial do espaço em disco também pode ser ocupada pelo banco de dados. Você pode mover o banco de dados para outro disco, ou simplesmente criar um banco de dados limpo e importar apenas mãos relevantes para ele.